Câu chuyện xoay quanh nữ sinh trung học Shio Ogura đến thăm Đài Loan trong một chuyến dã ngoại của trường, và bất ngờ bị những quái vật mang tên "Evolved Invaders" tấn công. Quân đội không có cách nào chống lại chúng, nhưng giữa lúc hoang mang, những đặc vụ E-Gene Holder bí ẩn thuộc cơ quan chính phủ DOGOO xuất hiện.
Thiên hạ tuy định, nhưng loạn thế chưa dứt. Thiên hạ đệ nhất kiếm khách, cận vệ của Thủy Hoàng - Cái Nhiếp dắt theo con trai của cố nhân, lẩn tránh sự truy sát của Tần Vương. Lúc này cậu bé Thiên Minh vẫn hoàn toàn không hay biết gì về thân phận thực sự của mình. Bàn tay số mệnh dần dần cuộn mở bức tranh xán lạn. Tại biên cảnh Tần quốc, Tàn Nguyệt cốc, Cái Nhiếp một thân một kiếm tiêu diệt 300 thiết kỵ quân Tần. Doanh Chính phẫn nộ, lệnh cho thừa tướng Lý Tư phải tìm cách diệt trừ tất cả thế
300 năm sau khi kết thúc chiến tranh ở Calamity.Những quyền năng cai trị Sphere Trái đất đã bị lật đổ, nhường chỗ cho những người cai trị mới của một thế giới mới sau trận chiến.
Ê ku, muốn có em gái không. Học sinh năm nhất, Toujo Basara bất ngờ bị ông bố sắp tái hôn hỏi. Rồi ổng mất dạng sau khi mang về cho Basara 2 em Imouto, một BB, một loli.
Một ngày nọ, Digimon Xros Loader bỗng xuất hiện trước mặt Taiki, là 1 cậu bé có trái tim nhân ái, và nghe được tiếng kêu cứu của Shoutmon. Digimon Xros Loader có thể giúp cho Digimon tràn đầy năng lượng. Và Taiki được chọn làm General. Taiki và bạn mình rơi vào thế giới song song, thế giới số. Tại đó, xuất hiện những tên địch nhằm tiêu diệt Taiki và các bạn. Một cuộc chiến xảy ra, Taiki và Shoutmon với sức mạnh của Digimon Xros Loader chống lại kẻ địch.