Kazamatsuri, một thành phố nổi tiếng hiện đại với vô vàn cây xanh và các nền văn hóa phong phú của Nhật. Và cũng là quê hương của Kotarou Tennouji, một học sinh cao trung hay tò mò và thích đùa. Nhóm bạn ban đầu gồm 3 kẻ-lập-dị luôn chơi chung với nhau, cô bạn nối khổ không kém phần dễ thương Kotori, tên bạn chuyên hùng biện Haruhiko
kể về Akito không muốn chiến đấu dù có một tuổi thơ dành cho anime Gekiganger 3, một chương trình Mecha, cậu thà nấu hơn thí điểm một Mecha. Fate can thiệp khi nhà của ông trên sao Hỏa bị phá hủy, và ông được vận chuyển ngay lập tức đến Trái đất, một cách bí ẩn
cuộc sống bình dị thường ngày của các thành viên thuộc đơn vị 501. Họ nấu nướng, dọn dẹp, sống cuộc sống vui vẻ mỗi khi Neuroi chưa bắt đầu cuộc tấn công tiếp theo. Câu chuyện kể về những sinh vật ngoài hành tinh với tên gọi là Neuroi đã đến xâm lược Trái Đất.
Akira Nikaido - Một học sinh hư hỏng, hay lêu lổng, trốn tiết luôn nghĩ rằng cuộc sống này thật quá đỗi bình thường và nhàm chán cho đến khi cậu gặp Shirogane - Người đàn ông bí ẩn với mái tóc dài màu bạch kim thướt tha, nói rằng số phận của cả 2 là gắn liền với nhau.
Câu chuyện xoay quanh việc 5 Signer sở hữu 5 con rồng kết hợp lại với nhau và tạo ra Crimson Dragon. Sự khác biệt nhất với những bộ “Yu-Gi-Oh!” khác là đua xe và sử dụng bàn đấu để đấu bài, và 1 loại quái thú mới được gọi là Synchro Monsters giới thiệu tới trong bộ này.