Câu chuyện kể về hai cô gái Escha và Chron, hai người có tính cách tương phản giống như mặt trời và mặt trăng. Hai cô gái đến từ Terminal, một thế giới hậu khải huyền trong tương lai trống rỗng và đơn sắc. Hai cô gái băng qua thế giới và đến ngày nay, họ gọi là Transit
Vào năm 2100, một dự án khám phá sức mạnh mới của năng lượng. Amami Kurau là con gái của nhà khoa học chính của dự án, và vào ngày sinh nhật lần thứ 12 của cô, cô đi cùng cha cô đến phòng thí nghiệm để theo dõi các thí nghiệm. Sau đó, Kurau bị 2 luồng ánh sáng đánh trúng và sở hữu những khả năng phi thường.
Set in Hinomoto, a fictional version of Japan, where for a long time railway travel served as the most important form of transport. Each locomotive was paired with a humanoid control module, so-called Raillord, that aided the train operator.
Vào một đêm hè 2006, khi còn là hai chú bé, hai anh em Mutta (1993) và Hibito (1996) đã nhìn thấy một vật thể lạ bay tới mặt trăng. Họ đã quyết định trong đêm đó rằng tương lai sẽ trở thành những phi hành gia bay vào vũ trụ. Năm 2025, Hibito đã trở thành một phi hành gia và chuẩn bị bay lên mặt trăng.
Một kỹ sư trẻ, Tetsurou Okino, được chuyển đến một công ty tiêu diệt sâu bọ tên là Hato Industries cùng với robot Bullbuster mới do chính anh phát triển. Ở đó, Hato Industries, một công ty nhỏ có ít tiền và chủ tịch Tajima của nó đang chống lại một sinh vật bí ẩn.