Nối tiếp sau các sự kiện của Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul, phần thứ ba của Made in Abyss bao gồm cuộc phiêu lưu của Reg, Riko và Nanachi trong Tầng thứ sáu
Clasu Valca từ thế giới của Prester, nơi mà cậu và người bạn thân lâu năm Lavie Head sống và làm việc như phát thư viên trên bầu trời. Họ cùng nhau mơ về 1 ngày sẽ thực hiện 1 sứ mệnh mà cha của họ đã không thể hoàn thành được - đó là bay xuyên qua 1 nơi nguy hiểm trải dài nổi tiếng được biết đến với cái tên Grand Stream.
30 năm trước, một hiện tượng kỳ lạ được gọi là spacequake (tạm dịch là không chấn) đã tàn phá trung tâm của đại lục Á-Âu, đe dọa mạng sống của ít nhất 150 triệu người.
nói về Gabimaru, từng được tôn vinh là ninja mạnh nhất, nhưng hiện tại đã bỏ nghề, vì phạm luật của làng mình. Sau khi bị bắt, anh tuyên bố rằng mình không còn gì để sống.
Ichikawa Kyotaro, một người đàn ông tốt bụng và có khả năng cảm nhận âm thanh, rất quan tâm đến cô gái xinh đẹp Anna Yamada. Qua quan sát, đã phát hiện ra một khía cạnh bất ngờ của Yamada... Liệu điều kỳ diệu có xảy ra? ? Bằng cách này, tuổi trẻ của Kyotaro bắt đầu thay đổi rất lặng lẽ.