Karin Hanazono là một cô bé bình thường, không giỏi thể thao, lại luôn bị điểm kém, cô bé sống cùng người dì sau khi cha mẹ mất...Cho đến một ngày, Shii-chan - vật cưng và cũng là người bạn thân duy nhất, chỗ dựa tinh thần của Karin qua đời, cuộc sống của cô bắt đầu thay đổi.Một kẻ đáng ghét tên là Kazune xuất hiện khi cô đang đau buồn vì chuyện của Shii-chan, và rồi.
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
Từ thời xa xưa, 72% nguyên nhân cái chết của người dân London liên quan trực tiếp đến Rồng, một sinh vật tưởng chừng như hư cấu nhưng lại vô cùng hiện hữu. Do đó, con người cần phải có biện pháp để ngăn chặn điều đó.
Nanoha, một cô bé lớp 3 nhận được sức mạnh phép thuật từ hành tinh khác. Cô bé cùng với bạn của mình là Yuuno đã lên đường đi tìm Jewel Seed, một cấm vật có sức mạnh to lớn . Trong cuộc hành trình, cô bé đã gặp Fate, con gái của một đại pháp sư trước kia. Fate cũng đang giúp mẹ mình đi tìm Jewel Seed nhưng với một mưu đồ xấu.
Mistarcia is a magical world where humans, gods, and demons mingle together. In the past, the black-and-silver winged Bahamut has threatened to destroy the land, but humans, gods, and demons overcame their differences to fight together and seal its power. The key to that seal was split in two, one half given to the gods and the other to demons, so that they would never be united and Bahamut never released. Now, two thousand years later, the world is in an era of peace—until the day a woman steals the gods half of the key.