Câu chuyện xoay quanh nữ sinh trung học Shio Ogura đến thăm Đài Loan trong một chuyến dã ngoại của trường, và bất ngờ bị những quái vật mang tên "Evolved Invaders" tấn công. Quân đội không có cách nào chống lại chúng, nhưng giữa lúc hoang mang, những đặc vụ E-Gene Holder bí ẩn thuộc cơ quan chính phủ DOGOO xuất hiện.
Vào ngày đầu đi học của mình tại trường Trung Học Toudou, Nagi Souichiro và bạn của cậu ta – Makihara Bob đã có ý định choảng bất cứ tên nào mà họ thấy ngứa mắt (để lấy số), theo cách mà họ đã từng làm ở những ngôi trường trước kia. Nhưng họ đã sớm nhận ra rằng Todou không phải là một ngôi trường bình thường. Nói một cách chính xác hơn thì ngôi trường này được thành lập để dạy học và hòa nhập các kiểu đánh nhau của học sinh. Học sinh của trường có rất nhiều người giỏi việc đánh đấm, có một số
Endou Mamoru là thủ môn trường Raimon. Endou phải đi chiêu mộ thành viên và nếu không muốn câu lạc bộ xảy ra chuyện thì xem sẽ rõ. Nhờ vào sự nhiệt tình của Endou Mamoru, CLB bóng đá trường trung học Raimon đã không bị giải tán và dần trở nên tốt đẹp hơn. Đội bóng trường Raimon đã đánh bại nhiều đội bóng mạnh và hướng tới trận chung kết.
Vào lần sinh nhật thứ 16, Tomokazu Mikuri đã mơ một giấc mơ kì lạ. Trong giấc mơ đó anh gặp 1 cô gái tên là Mone (Em ý chỉ biết nói có mỗi “Mone, mone”, nên mọi ng` gọi nhỏ là Mone luôn! Trông nhỏ khá là moe !) đang chiến đấu với một vật thể kì quái. Và ngạc nhiên hơn là lúc tỉnh dậy, cô gái đó lại đang nằm bên cạnh anh
Ở thành phố Fukuoka, nhìn bên ngoài thì là một thành phố yên bình, nhưng tội ác lại diễn ra trong thế giới ngầm. Ở quận Hakata của thành phố, có một nhóm người có tài năng đặc biệt, bao gồm, sát thủ chuyên nghiệp, thám tử, buôn thông tin, và một người chuyên đi báo thù.