Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Thời Đại Thần Thánh đã đến hồi kết thúc. Sự bất tử cũng sẽ không còn.Cõi Thiên Đàng rung chuyển khi đội quân của Falis, Thần Ánh Sáng...... Chạm trán với quân của Falaris, Thần Bóng Tối.Trong trận chiến không ngừng nghỉ sau đó,Trái Đất bật khóc...Biển cả sôi sục...Cuối cùng, chỉ có hai người sống sót của mỗi bên
Câu chuyện đặt bối cảnh tại Onomichi, Hiroshima năm 20XX, khi mà cá voi là loài cá duy nhất còn sống trên biển. Vì thế, bộ Thủy sản quyết đinh xây những bể cá khổng lồ trong không gian. Liên minh thủy sản vũ trụ Onomichi được thành lập để đào tạo ngư dân không gian.
Ai lúc nhỏ xem rồi thì sẽ biết nhưng thôi chém tí: Meimi là một nữ sinh bình thường nhưng khi đêm xuống thì cô trở thành một "siêu trộm" biệt danh là Saint Tail. Cố gắng bắt Meimi là Asuka Jr một thám tử nghiệp dư học cùng lớp với cô. Rồi trời xui đất khiến sao cho một người thì mỗi khi ăn trộm lại "la làng" cho thám tử biết còn 1 người thì lúc đầu muốn bắt trộm sau lại muốn "chiếm" luôn tên trộm đó thế là Happy Ending
Owari no Seraph : Một loại Virus xuất hiện trên Trái đất và giết hết tất cả những người bị nhiễm có tuổi trên 13. Cùng lúc đó, ma cà rồng xuất hiện từ lòng đất sâu thẳm và biến loài người thành nô lệ. Nhân vật chính Hyakuya Yuuichirou là một trẻ mồ côi, bị ma cà rồng xem như gia súc cho chúng hút máu. Dù bị giam cầm, nhưng cậu có hoài bão lớn, khao khát có ngày giết hết toàn bộ ma cà rồng.