Anime được thực hiện theo bản visual novel phát triển bởi 5bp và Nitroplus, Chaos;Head là một câu chuyện về một kẻ giết người(ảo giác) kì bí, mang những nhân tố mạnh như máu đông,xung đột tâm lý và giả tưởng. Game sử dụng một nét đặc trưng gọi là "delusional trigger", thứ cho phép người chơi điều chỉnh realness với surrealness thông qua perspective của nhân vật chính ,thứ tác động trực tiếp vào cốt truyện.
Phần 2 xoay quanh đôi chủ nhân - quản gia mới, Alois Trancy và Claude Faustus. Alois không có một tuổi thơ vui vẻ, cậu bị bắt cóc và phải lao động như một nô lệ. Cậu mất bạn bè, gia đình đặc biệt là em trai mình sau khi làng bị cháy. Sau đó, cậu trở về và trở thành người đứng đầu gia tộc, cùng về với cậu còn có một người quản gia hết sức bí ẩn, đó chính là Claude Faustus. Tuy nhiên, Alois lại rất căm ghét và luôn tìm cách giết chết Ciel và Sebastian.
Bộ truyện được thiết lập trong tương lai xa, trong đó Trái đất được chia làm hai. Bán cầu nam được đặt trong một không gian khác trong khi các cư dân của bán cầu bắc có thể biến thành quái vật giống như con người. Cuối cùng con người của bán cầu nam, dẫn đầu bởi Uranus, tấn công Beasts
câu chuyện của Shinpei Ajiro, một cậu bé có cha mẹ qua đời khi cậu còn rất nhỏ và sau đó được nuôi dưỡng bởi hai chị em Mio và Ushio. Ajiro, bây giờ là một thanh niên, trở về quê hương bên bờ biển của mình sau khi biết rằng Ushio đã chết đuối trong một tai nạn thảm khốc.
Ở ranh giới của 2 bờ, có 8 triệu vị thần, linh hồn người chết phục vụ cho Thần Linh, và có vài linh hồn giúp đỡ cho các sinh linh khác. Một cô gái trung học dễ thương tên Hiyori Iki liên tục bị các bạn gái cùng lớp bắt nạt và cô ấy chỉ biết chui vào phòng vệ sinh để khóc