Nakajima Atsushi bị đuổi khỏi trại trẻ mồ côi và giờ cậu ta không biết phải đi đâu cũng không có gì để ăn. Khi cậu ta đang đứng cạnh bờ sông, gần như chết đói, cậu cứu sống một người đàn ông đang cố tự tử.
Tiếp theo câu chuyện của 2ss trước, thánh Keima lần này sẽ tập trung vào chuyện nữ thần, tuy nhiên anime bị skip quá nhiều các bạn nên đọc manga để hiểu rõ nhé
Trong một thế giới giả tưởng xa xôi, người anh hùng huyền thoại đảm nhận một vị thần xác chết gọi hồn. Tuy nhiên, vị thần gọi hồn đã sử dụng con át chủ bài trong tay áo của mình trong những giây phút cuối cùng của trận quyết đấu hoành tráng.
Sau sự sụp đổ của tổ chức Museum, tuy việc sản xuất và phân phối Gaia Memory, thiết bị cho người sử dụng khả năng biến thành quái vật với sức mạnh to lớn, đã bị ngưng lại. Dù thế nhưng các Gaia Memory còn sót lại vẫn được bán tại chợ đen và tiếp tục gây ra những hiện tượng kì lạ cho thành phố Fuuto.
Tiếp theo SS 1, câu chuyện xoay quanh cuộc đời của Tomoya và Nagisa sau khi 2 người tốt nghiệp THPT. Từ lúc Tomoya bày tỏ tình cảm của mình với Nagisa, 2 người càng lúc càng gắn bó khăng khít hơn với nhau (Có kết hôn, có "make love", có baby ). NHƯNG có một sự kiện bất ngờ đã xảy đến với họ, khiến cuộc đời 2 người thay đổi vĩnh viễn