Jin quyết định dùng một khúc của cây thần đã bị đốn để làm một bức tượng cho triển lãm toàn trường, và trong lúc mang nó ra ngoài, bức tượng liền bám chặt mặt đất, và từ đó hóa thành một cô gái rất dễ thương. Cô ta tên Nagi, một linh hồn Shinto (神道 - Chi tiết xem tại đây), vị thần bảo hộ của vùng đó.
Nhật Bản thế kỷ 21 chỉ còn là một vùng sa mạc rộng lớn, nằm dưới sự trị vì của Vương triều Saffon bạo ngược. Lời tiên tri đã nói rằng một ngày kia, một đứa trẻ sẽ được sinh ra và khi trưởng thành, nó sẽ trở thành vị cứu tinh đem lại tự do cho đất nước. Khi hai đứa trẻ sinh đôi Tatara và Sarasa sinh ra tại làng Byakko, nhà tiên tri Nagi đã nói rằng Tatara chính là đứa con số mệnh mà lời tiên tri đã nhắc tới. Một ngày, quân đội của Xích Vương kéo tới làng Byakko, giết chết Tatara và cướp đi thanh
Câu chuyện xoay quanh Makoto Shiranui, một cậu bé đến từ Tokyo đang tìm cách trở thành người học việc của Mamoru Hoshisato – một pháp sư nổi tiếng trên thế giới và là bạn của bố mẹ cậu. Kể từ khi được xem chương trình của Mamoru và vợ của ngài ấy – Maive, cậu đã có ước mơ trở thành một pháp sư. Con gái của họ – Kana (biệt danh là Hatena) là bạn từ nhỏ của Makoto.
Trong tương lai gần, khi những người trẻ ở Nhật đủ mười sáu tuổi, họ được chính phủ chỉ định là một người kết hôn. Mọi người không phải trải qua khó khăn tìm kiếm ai đó, và mọi người chấp nhận rằng đất nước sẽ tìm được một người tương thích để làm có hạnh phúc.
đây là phần chiếu của các tập 14, 15, 16, và17 trong anime Kokoro Connect mà chúng ta đã từng được xem trước đây. Câu chuyện nói về năm thành viên sinh viên của các Hiệp hội Văn hóa Sinh viên. Tất cả là tốt cho đến một ngày họ bắt đầu trải qua những hiện tượng kỳ lạ gây ra bởi một sinh vật bí ẩn có tên Heartseed.