Kindaichi Hajime là cháu trai của nhà thám thử lừng danh Kindaichi Kousuke. Cậu ấy trông có vẻ ngớ ngẩn, nhưng mỗi khi có vụ án, cậu lại tìm ra lời giải với khả năng suy luận sắc bén được thừa hưởng từ ông nội. Kindaichi tham gia một câu lạc bộ bí ẩn cùng người bạn nối khố và cũng là bạn cùng lớp, Nanase Miyuki, và đàn em Saki Ryuji.
Hai năm đã trôi qua kể từ ngày bác sĩ phẫu thuật Jin Minakata bị cuốn vào dòng xoáy của thời gian trở về với thời đại Edo. Lúc này, một căn bệnh hiểm nghèo đang hoành hành toàn nước Nhật.
Bác sĩ tâm lý 39 tuổi tài năng Ogata Satoko là một phụ nữ độc thân. Cô là người ngay thẳng, một người chị tốt bụng và một con người đáng tin cậy trong nghề nghiệp của mình. Sở thích của cô là nằm dài trong những khách sạn sang trọng và xem hài kịch độc thoại.
Vì không hoàn thành nhiệm vụ, Nhậm Hạo Minh và Nguyễn Thanh Điềm bị cách chức, ra ngoài giải khuây, không ngờ gặp một kẻ áo đen muốn bắt cóc Nguyễn Thanh Điềm, Nhậm Hạo Minh kịp thời ra tay cứu Nguyễn Thanh Điềm.
Lúc bác sĩ phẫu thuật Okita Kazuaki (Takuya Kimura) còn là một bác sĩ tập sự, anh đã bị Masao Danjo (Tadanobu Asano), bạn của anh lên kế hoạch đào thải anh khỏi bệnh viện. Anh rời Nhật tới Mỹ, bỏ lại Mifuyu (Yuko Takeuchi), bạn gái của anh. Với sự nỗ lực, tìm tòi học hỏi anh đã trở thành một bác sĩ phẫu thuật ưu tú. 10 năm sau, anh trở về Nhật bởi lời mời của viện trưởng, bố của Mifuyu. Mifuyu hiện đã kết hôn với Danjo Masao.