Thế giới đã trải qua bao nhiêu kỳ “Cát bụi”, và dần dần sắp lụi tàn. Để có thể cứu thế giới khỏi đợt “Cát bụi cuối cùng”, mọi người đã tụ tập cùng nhau hợp sức để có thể khôi phục lại ngành công nghệ giả kim bí truyền của thành phố được biết đến với cái tên “Central”.
Hành tinh Endless Illusion huyền bí nằm đâu đó trong vũ trụ, là thiên đường cho bọn cướp, là địa ngục với những người tốt. Trên hành tinh đó, Van - người sở hữu một trong những Armor mạnh nhất - đang trên đường đi tìm kẻ thù của mình
Trong bối cảnh mà các nhà phát triển game lẫn game thủ chỉ quen thuộc với những thể loại kinh điển như chiến thuật (RTS), bắn súng (FPS), game mô phỏng thể thao,... thì Shenmue đã mang đến những định nghĩa và khái niệm mang tính đột phá
Anh đến từ châu Phi và chiến đấu sát cánh lãnh chúa phong kiến hùng mạnh trong thế kỷ 16 đầy bạo tàn ở Nhật Bản. Họ gọi anh là Samurai đen và anh trở thành huyền thoại.
Một năm sau cuộc chiến với Innovator, Ban và những người bạn mới và cũ tiếp tục chiến đấu để ngăn cản kế hoạch thôn tính trái đất của Detector