Vào 1863 khi kỷ nguyên samurai rối ren sắp chấm dứt, Nhật Bản bị chia rẽ giữa các phe phái ủng hộ và thống trị phiến quân. Số phận của thế giới bị đe dọa như là một đội quân của các nhà cải cách lịch sử được gửi từ tương lai để thay đổi quá trình lịch sử
Persona 4 lấy bối cảnh tại một vùng nông thôn tưởng tượng ở Nhật có tên Inaba. Cốt truyện xoay quanh nhân vật chính là Yu Narukami, một thiếu niên từ thành thị mới chuyển về Inaba - và nhóm bạn của cậu. Tại Inaba bỗng nhiên xảy ra các vụ giết người hàng loạt huyền bí
Sau 3 tháng kể từ khi Yokohama rơi vào tình trạng hỗn loạn, quán cà phê cũng đã trở lại bình thường. Nice thì bị Art bắn, và nhóm 2 người do Hajime và Murasaki lập nên, lại tiếp tục công việc trinh thám.
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên
Quỷ Cốc truyền nhân – quý tộc nước Hàn là Vệ Trang, 12 năm trước vốn là đồng môn sư đệ với Cái Nhiếp, lúc nào cũng nung nấu ý định đánh bại Cái Nhiếp, đoạt lấy danh hiệu đệ nhất kiếm. Vì vậy y đã bất chấp nhục thân, tu luyện cấm thuật của Quỷ Cốc phái, thực lực cao thâm khôn lường. Lý Tư dùng Cái Nhiếp làm mồi nhử, dụ Vệ Trang xuất kích.