Nối tiếp sau các sự kiện của Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul, phần thứ ba của Made in Abyss bao gồm cuộc phiêu lưu của Reg, Riko và Nanachi trong Tầng thứ sáu
“Tôi có thể nhìn thấy nó. Cách tôi có thể giành chiến thắng…” “Lần này tôi sẽ đánh bại anh ta. Vì vậy, hãy đến với tôi một lần nữa … chấp nhận! ‘Bloom, những bài thủ của linh hồn!” Ở New Kyoto, một thành phố được cai quản bởi “King”, giá trị của một người được xác định bởi sức mạnh của người đó trong trò chơi thẻ giao dịch Build Divide.
15 năm trước, một cánh cổng xuyên không gian kì bí đã mở ra ngay trên Thái Bình Dương. Bên kia cánh cổng là Reto Semaani – một thế giới khác, nơi có thần tiên và quỷ dữ cùng tồn tại.
Một ngày nọ, Yamano Mitsuha rơi xuống vách đá và bị dịch chuyển đến một thế giới khác với trình độ văn minh ngang tầm của châu âu thời trung cổ. Tuy nhiên, Mitsuha biết rằng mình có thể du hành giữa hai thế giới thông qua trận chiến chết người với bầy sói và cô quyết định sống bằng cách đó
Vào năm 1973, cuộc xâm lược ngoài hành tinh của đội quân BETA đã đưa nền văn minh của loài người đến bờ vực của sự diệt vong.Để đối phó với lực lượng hùng hậu của kẻ địch, loài người đã tạo ra một loại vũ khí khổng lồ mang dáng dấp con người, có tên gọi là Tactical Surface Fighters (TSF) và triển khai tuyến phòng thủ trên toàn thế giới. Vào năm 2001, Đế quốc Nhật Bản phải đối mặt với những khó khăn trong việc phát triển các TSF thế hệ mới, vì phần lớn các TSF đang phòng thủ cho tiền tuyến vùng