Câu chuyện diễn ra trong thời phong kiến Nhật Bản.Truyện kể về những cuộc phiêu lưu của Jubei Kibagami, một ninja đánh thuê, người có tài dùng kiếm chém gió , người được cho một nhiệm vụ bảo vệ Thánh Long Thạch và bảo vệ Cô Gái Ánh Sáng(Shigure) từ các đảng Hiruko và Kimon.
Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.
Nhân vật chính của truyện, và lần đầu tiên trong sáu trình điều khiển chọn lựa chọn bởi Arcadia. Một cậu bé vô tư trẻ, những người đã rất lịch sự, và không bao giờ quên mỉm cười và cúi đầu ở bất cứ ai ông đã gặp, mặc dù ông thường xuyên hiển thị liều lĩnh mà gần như có được nó vào rắc rối.
Cuộc sống cuả Shinozaki Mikoto - cậu học sinh lớp 10, là một chuỗi những công việc đều đặn, chán ngắt: đến trường, về nhà, đến trường và về nhà…. Cuộc đời cậu bắt đầu thay đổi khi cô bạn cậu thầm mến - Yuki Fukazawa, mời cậu vào câu lạc bộ đua xe đạp cuả trường và cậu đã từ chối với lí do không biết đi xe đạp
Tiếp nối serie về Digimon Xros Wars, câu chuyện lần này vẫn về Kudou Taiki và các nhân vật mới. Câu chuyện lần này sẽ xoay quanh 1 bí mật ở Thế giới tồn tại giữa thế giới con người và thế giới số, nhân vật chính là Akashi Tagiru