Được Thiết lập một thế giới song song với Fate / stay night nơi Chén Thánh huyền bí biến mất khỏi Fuyuki sau Chiến tranh Chén Thánh Third Holy Grail. Sau nhiều năm yên bình, khoảng thời gian Chiến tranh Chén Thánh thứ năm đã xảy ra, Yggdmillennia, một gia đình ma thuật, tuyên bố công khai việc ly khai khỏi hiệp hội Mage và họ đang nắm giữ Chén Thánh
Câu chuyện của manga lấy bối cảnh trong một căn biệt thự kiểu Tây phương nằm trên một vách đá và là trung tâm của gia đình nhà Shadow. Họ sống với những người hầu búp bê giống hệt như thật. Câu chuyện tập trung vào cuộc sống hàng ngày của những con người bên trong ngôi nhà Shadow cùng những bí ẩn sẽ được hé lộ.
Mushishi là một anime của Nhật kể về cuộc hành trình theo dấu chân Ginko, một Mushishi, đi ngao du từ nơi này đến nơi khác để tìm hiểu, nghiên cứu và giúp đỡ những người gặp vấn đề với Mushi (hay còn gọi là "trùng”, một dạng sống khởi nguyên, những sinh vật xa lạ, không hề giống với bất kì loài động thực vật nào, có loài có hại, có loài vô hại và cũng có loài cực kì nguy hiểm).
Miyako Arata là một viên chức vừa được phân công đến bộ phận “ Quan hệ khu vực ban đêm “ . Bộ phận này được thành lập khắp 23 quận của Tokyo, mục đích là để giảm thiểu những vụ việc liên quan đến hiện tượng dị thường, kỳ bí.
Keisuke là một học sinh lớp năm không tin vào ma, UFO, hoặc thậm chí yêu quái. Gần đây, anh đã nhận thấy rằng Natsume đã về nhà trễ, và một ngày quyết định kết hôn với cô. Khi anh phát hiện ra rằng Natsume đi đến một cơ quan thám tử youkai, Natsume buộc phải liên quan đến Keisuke trong các hoạt động của cô.