câu chuyện tiếp theo của hai phần trước vô cùng thành công.Phần 3 này sẽ đưa đến thêm những nhân vật hoàn toàn mới với câu chuyện vẫn xoay quanh Makoto Naegi và bạn bè của mình.Kyoko Kirigiri, Yasuhiro Hagakure và Aoi Asahina và những người bạn mới sẽ phải trải qua những khó khăn và thử thách nào trong phần 3 đầy gay cấn này?
bối cảnh trong tương lai nơi loài người đã di chuyển lên mặt trăng, với một trò chơi tên là Tousouchuu đang vô cùng phổ biến ở thuộc địa mặt trăng. Trò chơi diễn ra trong một khu vực hạn chế và thấy những người tham gia cố gắng tránh truy đuổi các android cho đến khi đếm ngược về 0, với phần thưởng là một lượng tiền mặt tương đối lớn.
Câu chuyện diễn ra trong thời phong kiến Nhật Bản.Truyện kể về những cuộc phiêu lưu của Jubei Kibagami, một ninja đánh thuê, người có tài dùng kiếm chém gió , người được cho một nhiệm vụ bảo vệ Thánh Long Thạch và bảo vệ Cô Gái Ánh Sáng(Shigure) từ các đảng Hiruko và Kimon.
Nơi cung cấm xa hoa, Minamoto Hiromasa kết bạn với người thần bí Abe Seimei, phá giải các vụ án phức tạp xuất phát từ ma giới.
Thành phố London-ish đại diện cho toàn bộ nền văn minh chạy bằng than và năng lượng hơi nước. Bởi vì hơi nước, thành phố đôi khi được bao phủ trong một màn sương. Villains tận dụng lợi thế của màn sương để ẩn giấu và thực hiện các kế hoạch tội ác của hắn