Seth là một phù thủy đầy tham vọng từ khu vực Pompo Hills. Giống như tất cả các pháp sư, ông là một bị nhiễm, một trong số ít những sinh vật sống sót sau sự tiếp xúc của Nemesis - những sinh vật rơi xuống từ bầu trời làm ô nhiễm và phân hủy tất cả những người mà họ chạm vào.
Bảy thanh niên bị bắt buộc phải song cùng nhau trong 1 trại cải tạo ở Shio vào năm 1955. Bị tù túng, hành hạ và làm nhục là chuyện xảy ra hằng ngay, họ mong mỏi một tia ánh sang trong bong tối mịt mù và cô lập này. RAINBOW là cậu chuyện kể về họ, về cuộc sống họ phải chịu đựng và cách họ tồn tại, tiến lên phía trước.
Vào năm 1999, một tàu không gian rơi tại phía nam đảo Ataria đã làm cho nhận loại nận ra mình không đơn độc trong vũ trụ. Mười năm sau con tàu được khôi phục với tên gọi SDF-1 Macross. Tuy nhiên vào ngày cất cánh đầu tiên của con tàu, một chủng tộc ngoài hành tình được gọi là Zentradi chủ nhân của con tàu đã xuất hiện. Chiên tranh vũ trụ lần đầu tiền xảy ra đã làm thay đổi vận mệnh của hai chủng tộc mãi mãi.
Câu chuyện diễn ra với bối cảnh cận trung cổ, khi các phù thủy đều bị giáo hội săn lùng vào thiêu sống. Gái đẹp thiên tài ma nữ Zero cùng cùng chàng linh đánh thuê người thú hóa lên đường đi tìm lại quyển Book of Zero, vốn do gái đẹp Zero viết ra nhằm khiến thế giới tốt đẹp hơn nhưng lại bị sử dụng sai mục đích ban đầu
Từ thời Edo đã tồn tại các đầu trường, mà tại đó các thương gia thuê đấu sĩ đấu tay không với nhau, bên nào thắng sẽ có tất cả. Tokita Ouma, biệt danh là “Ashura” tham gia đấu trường và đánh thắng tất cả các đấu thủ của mình. Khả năng đặc biết đè bẹp mọi đối thủ của cậu ta đã được các ông chủ tập đoàn lớn để ý, trong đó có chủ tịch tập đoàn Nogi Hideki.