Trong Khủng Hoảng Xianglong diễn ra vào năm 2031, Leon Lau đã tận mắt chứng kiến sự việc diễn ra.Lò Phản Ứng Lượng Tử, một lò phản ứng thế hệ mới để thay thế nguồn nguyên liệu thiên nhiên đang dần cạn kiệt, đã phát nổ và phóng ra một loại năng lượng bí ẩn
Cuộc sống của Ayato Kamina, chàng sinh viên họa sĩ 17 tuổi, bỗng nhiên gián đoạn bởi một kẻ theo dõi bí ẩn. Những chiến đấu cơ xâm nhập thành phố và một cỗ máy lạ xuất hiện. Một cuộc hành trình nội tâm đi tìm chính mình, khám phá những bí ẩn xung quanh cô gái huyền bí Reika Mishima, sự thật về sự tồn tại của MU cũng chiến binh thiên thần RahXephon.
Tenchi Masaki, 17 tuổi, lớn lên khi nghe những câu chuyện về việc tổ tiên của ông đã sử dụng một thanh kiếm để phong ấn một con quỷ trong hang động cách đây bảy trăm năm. Khi sự tò mò trở nên tốt hơn, Tenchi đi vào hang động và tình cờ gặp thanh kiếm từ huyền thoại.
Tenma, Alone và Sasha là 3 người bạn thân thiết từ thuở ấu thơ. Số phận chia cắt 3 họ ở những độ tuổi khác nhau và cũng chính số phận cho họ hội tụ lại, nhưng giờ không phải dưới danh nghĩ 3 người bạn thời thuơ ấu nữa mà là Thánh Đấu sĩ cung Thiên Mã - Tema, Minh Vương Hades - Alone và Nữ Thần Athena - Shasa.
Ayaka Kagari, một cô gái tài năng trong thể thao, xuất sắc trong học tập, đứng đầu tất cả mọi thứ. Dĩ nhiên cô cũng có phép thuật mạnh nhất trên trái đất. Nhưng mục đích của cô là phải bảo vệ Honoka Takamiya, bạn cùng lớp của cô ấy bằng mọi giá.