Endou Mamoru là thủ môn trường Raimon. Endou phải đi chiêu mộ thành viên và nếu không muốn câu lạc bộ xảy ra chuyện thì xem sẽ rõ. Nhờ vào sự nhiệt tình của Endou Mamoru, CLB bóng đá trường trung học Raimon đã không bị giải tán và dần trở nên tốt đẹp hơn. Đội bóng trường Raimon đã đánh bại nhiều đội bóng mạnh và hướng tới trận chung kết.
Đã từ rất lâu, quốc gia này bị vây quanh bởi Đế Quốc Giadian, nơi chế tạo những drone được gọi là Legion. Sau nhiều năm nghiên cứu, Cộng Hòa đã chế tạo thành công những drone tự động, biến trận chiến 1 chiều thành cuộc chiến không thương vong—hoặc ít nhất thì đó là những gì chính quyền tự nhận.
Tiếp nối serie về Digimon Xros Wars, câu chuyện lần này vẫn về Kudou Taiki và các nhân vật mới. Câu chuyện lần này sẽ xoay quanh 1 bí mật ở Thế giới tồn tại giữa thế giới con người và thế giới số, nhân vật chính là Akashi Tagiru
Trên lục địa Cruzon, cuộc chiến giữa đế chế Krisna và quốc gia Athens đang gần kề. Người dân trên hòn đảo này có thể sử dụng quartz để thực hiện điều ước của mình. Nhưng một người không thể sử dụng quartz là Rygart Arrow. Cậu ta không phải là một phù thủy thực thụ nhưng vì thế mà cậu ta có thể điều khiển 1 golem cổ xưa, một golem bá đạo có thể chống lại cuộc xâm lăng của đội quân Athens.
Từ thời Edo đã tồn tại các đầu trường, mà tại đó các thương gia thuê đấu sĩ đấu tay không với nhau, bên nào thắng sẽ có tất cả. Tokita Ouma, biệt danh là “Ashura” tham gia đấu trường và đánh thắng tất cả các đấu thủ của mình. Khả năng đặc biết đè bẹp mọi đối thủ của cậu ta đã được các ông chủ tập đoàn lớn để ý, trong đó có chủ tịch tập đoàn Nogi Hideki.