Phần 4 của bộ phim. Sau hơn 150 năm rơi vào bế tắc giữ hai siêu cường liên sao, Đế Quốc Ngân Hà và Liên Minh Các Tiểu Hành Tinh Tự Do, một thế hệ lãnh đạo mới đã xuất hiện: Thiên tài quân sự Reinhard von Lohengramm của phe Đế Quốc, và nhà sử học của phe Liên Minh, Yang Wen-li.
Trong một thế giới chuộng vẻ bề ngoài, một học sinh cấp ba lạc loài sống cuộc sống hai mặt bằng cách thay phiên dùng hai cơ thể có ngoại hình đối lập hoàn toàn.
In the very near future, a race of huge, insect like aliens is discovered traveling the galaxy. These aliens seem dedicated to the eradication of the human species as it takes its first steps away from the solar system, and they are getting closer and closer to Earth. Humanity has responded by developing spacegoing battleships and giant fighting robots. These robots are piloted by the best and brightest of Earth`s youth, picked from training schools around the world.
Từ rất lâu trước đây có một bộ tôc mạnh nhất Tribe of Gold đã kêu gọi các bộ tốc khác cùng bay vào vũ trụ. Nghe theo lời kêu gọi của họ gồm ba bộ tộc là Tribe of silver Tribe of bronze và Tribe of Hero Sau đó một bộ tộc cuối cùng là con người cũng bay vào vũ trụ và được gọi là Tribe of Iron
Cuộc sống của Ayato Kamina, chàng sinh viên họa sĩ 17 tuổi, bỗng nhiên gián đoạn bởi một kẻ theo dõi bí ẩn. Những chiến đấu cơ xâm nhập thành phố và một cỗ máy lạ xuất hiện. Một cuộc hành trình nội tâm đi tìm chính mình, khám phá những bí ẩn xung quanh cô gái huyền bí Reika Mishima, sự thật về sự tồn tại của MU cũng chiến binh thiên thần RahXephon.