Câu chuyện diễn ra trong một thế giới mà nơi các nàng tiên sở hữu và trú ngụ trong các loài động vật, mang đến cho chúng những khả năng bí ẩn. Bằng cách loại bỏ nội tạng của con vật bị chiếm hữu và cấy chúng vào người, các nàng tiên có thể được triệu tập như một bản ngã đã thay đổi và được sử dụng làm vũ khí. Những nàng tiên trở thành công cụ của chiến tranh được gọi là "Chiến binh cổ tích.
Câu chuyện bắt đầu từ sự phản bội của Kì Lần - Judas và Phượng Hoàng - Luca, họ đã bị bị Chúa giam giữ ở địa ngục. Sau một ngàn ngày đêm, họ đã trốn thoát với một ý định trả thù Chúa và tạo ra một thế giới địa ngục. Ngay sau đó, những Thần Hộ Mệnh được gửi đến trần gian đã bắt đầu dần biến mất, trên Thiên Đường không ai có thể giải thích điều này. Bốn vị Thánh Thú đã được Nữ Thần kêu gọi, sau đó họ đã đến trần gian và kiểm chứng về những việc đang xảy ra. Khi đến nơi họ đã gặp một Thần Hộ Mệnh
Được dịch từ tiếng Anh-Stone Ocean là phần ngoại truyện thứ sáu của loạt truyện tranh Nhật Bản JoJos Bizarre Adventure
Trong năm 298 từ thời của các vị thần, các học sinh tiểu học Sumi Washio, Sonoko Nogi và Gin Minowa được giao nhiệm vụ quan trọng. Họ sẽ trở thành anh hùng và chiến đấu với Vertex, một kẻ thù bí ẩn đang tấn công Shinju-sama, cây thần để bảo vệ Shikoku, khu vực duy nhất trên thế giới vẫn còn sống được. Điều mà họ không biết là cuộc chiến này sẽ tốn kém nhiều hơn những gì họ có thể tưởng tượng được.
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.