Tại thành phố Nagasaki, câu chuyện diễn ra trong một thế giới nơi một lượng ma thuật nhỏ vẫn còn tồn tại trong cuộc sống hàng ngày. Hitomi Tsukishiro là một hậu duệ 17 tuổi của một gia đình phù thủy lớn lên với những cảm xúc, khi cô mất đi cảm giác về màu sắc từ khi còn rất nhỏ.
Cốt truyện xoay quanh cậu học sinh Aono Tsukune học kém, thi trượt cấp III. Bỗng nhiên một ngày đẹp trời bố cậu "may mắn" nhặt được một lá đơn nhập học và cậu đã đến học tại Học viện Youkai. Thật không may đây lại là trường học dành cho yêu quái. Ngay ngày đầu đến trường Tsukune đã gặp và có cảm tình với một cô gái xinh đẹp tên là Moka - một nữ Vampire. Cuộc đời và số phận Tsukune chuyển qua một bước ngoặt mới. Thay vì tìm cách thoát khỏi ngôi trường đáng sợ, Tsukune quyết định ở lại theo học
Con người đã tạo ra nhiều câu chuyện. Niềm vui, nỗi buồn, tức giận, cảm xúc sâu sắc. Câu chuyện cảm xúc của chúng tôi, và làm chúng tôi say mê. Tuy nhiên, đây chỉ là ý nghĩ của người ngoài cuộc. Nhưng nếu những người trong câu chuyện có "ý định"?
Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.
Vào ngày cuối của năm học, Ichika Tachibana 14 tuổi tình cờ gặp một cô gái bước ra từ trong gương.