Zaidanhoujin Occult Designer Gakuin câu chuyện xoay quanh Maya, con gái của cựu hiệu trưởng của Học viện Waldstein, và một thời gian đi du lịch đại lý Fumiaki Uchida. Trong năm 2012, thế giới đã bị xâm chiếm bởi người ngoài hành tinh và khách du lịch thời gian đã được đưa trở lại vào năm 1999 để tìm và tiêu diệt các Nostradamus Key, mà Nostradamus Prophecy báo trước như những gì sẽ mang lại sự khải huyền.
Tại một thành phố với phần lớn là học sinh biết sử dụng siêu năng lực, và đồng thời có sự tồn tại của pháp thuật. Cánh tay phải của Toma Kamijyo có khả năng vô hiệu hóa pháp thuật, siêu năng lực, hay thậm chí kể cả phép màu của chúa lẫn vận may của chính mình.
Tại nhà trọ Hidamari (Hidamarisou) - nhà trọ nổi tiếng quy tụ những "quái nhân kỳ dị" nằm ở trước trường Yamabuki. Một học sinh ban mỹ thuật trường Yamabuki, Yuno, đã làm quen được những người bạn tốt bụng tại nhà trọ đó. Cuộc sống mỗi ngày của Yuno trở nên sôi động hơn nhờ những người bạn đó, và họ truyền cảm hứng cho Yuno tiếp tục theo đuổi giấc mơ của mình.
Nijihara Ink, một cô nhóc cấp 3 với vóc dáng bé nhỏ, nhỏ đến nỗi rất hay bị nhầm tưởng với học sinh tiểu học. Trong lớp cô thích một cậu bạn tên Nao, nhưng do quá nhớn nên bị cậu này đối xử như trẻ con...
Trường trung học Koudo Ikusei là một trường hàng đầu có uy tín với các cơ sở hiện đại, nơi gần như 100% sinh viên đi học đại học có việc làm. Các sinh viên ở đó có quyền tự do mặc bất kỳ quần áo hay chọn kiểu tóc mà họ muốn.