Phi hành gia đầu tiên trong lịch sử loài người là một cô gái ma cà rồng. Sau khi Chiến tranh thế giới thứ hai kết thúc, các siêu cường phân chia thế giới, Cộng hòa Liên bang Zirnitra ở phía Đông và Vương quốc Anh Arnack ở phía Tây, đã chuyển tham vọng lãnh thổ sang không gian. Cả hai quốc gia đã và đang cạnh tranh gay gắt để phát triển.
Nối tiếp sau các sự kiện của Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul, phần thứ ba của Made in Abyss bao gồm cuộc phiêu lưu của Reg, Riko và Nanachi trong Tầng thứ sáu
Reiyan Asura, nếu đó là tên thật của anh ấy, thức tỉnh trong khoảng không, bị ràng buộc bởi xiềng xích. Anh ta không nhớ mình là ai hay làm thế nào anh ta đến được thế giới màu trắng này.
Inglis, một người đàn ông lớn tuổi còn được gọi với cái tên "Vua người hùng". Ngay trước khi chết, anh có mong muốn "được sống tự do ở kiếp sau và tinh thông võ nghệ" - và do đó, anh đã được đầu thai thành Chris, con gái của một gia đình hiệp sĩ huyền thoại ở một thế giới trong tương lai xa xôi.
Khi Azuma Ikki trở về Nhật Bản sau 10 năm, Anh bị tấn công bởi một nhóm người có vũ trang và trở thành tù nhân của họ. Kogane Asabuki, một người bạn thời thơ ấu, cứu anh với một vũ khí trên tay phải của cô được biết đến như Bubuki; một vũ khí với suy nghĩ riêng. Azuma Ikki, một người sử dụng Bubuki, biết về sự tồn tại của Bubuki và đi trên một cuộc hành trình cùng với các bạn đồng hành