câu chuyện về một giáo sư đại học trẻ và cũng chính là một thiên tài, ông có thể học được bất kì loại ngôn ngữ nào nếu bản thân thực sự muốn.Chính khả năng này mà ông là người được tất cả mọi người đề cử cho cương vị là giáo sư giải mã những mật mã sử dụng không dây do chính bộ luật Luger của những người sói đề ra, và chính họ là kẻ thù vô cùng to lớn của loài người.
Với tông màu chủ đạo gồm những sắc xanh, đỏ, trắng, Kagerou Project chủ yếu xoay quanh về câu chuyện của các thành viên trong Mekakushi Dan (Blindfold Gang - Hội Bịt Mắt =)) ), một băng mà hầu hết các thành viên đều có năng lực đặc biệt về “mắt”, ví dụ như “Che giấu mắt” - năng lực che dấu “sự tồn tại” của bản thân và những người xung quanh hay “Thu hút mắt” - năng lực thu hút sự chú ý của người khác,… Đặc biệt, mỗi khi sử dụng những năng lực này, đôi mắt của các thành viên đều chuyển sang màu
Năm 2077, thế giới hiện đại với các công cụ, máy móc hoạt động tinh xảo nhưng lại tiềm tàng một mối đe dọa to lớn với loài người khi Nhật Bản cho phát triển công nghệ người máy sinh học. Đó là điều mà Liên Hợp Quốc cấm. Một nhóm đặc nhiệm tức tốc được cử đến Nhật Bản, thâm nhập điều tra sự việc và họ đã bất ngờ khám phá ra rằng, Nhật Bản giờ chỉ là 1 hòn đảo đầy hoang mạc.
Năm 3195, đã có một cuộc chiến giữa robot và con người. Khi Shaian, một robot chiến đấu có tri giác, mất đi bạn đồng hành của mình trong trận chiến, anh đã tắt hệ thống cho đến khi cảm biến của anh phát hiện ra một con người mới. Gần 1000 năm sau, kẻ thù lớn nhất của Shaian vẫn còn sống và đang chiến đấu ở Brazil.
Ở Tokyo nơi trọng lực bị phá vỡ, một chàng trai và một cô gái bị cuốn hút vào nhau ... Câu chuyện lấy bối cảnh ở Tokyo, sau khi những quả bong bóng phá vỡ định luật trọng lực trút xuống thế giới.