Tiếp theo Season 1, Season 2 này sẽ đi sâu vào câu truyện về các Sister. Là những cảm xúc và hành đồng nhất thời của Mikoto Misaka khi cô phát hiện ra kế hoạch Sister. Kế hoạch được vạch ra để đưa Level 5 Accelerator lên Level 6.
Phần 4 của bộ phim. Sau hơn 150 năm rơi vào bế tắc giữ hai siêu cường liên sao, Đế Quốc Ngân Hà và Liên Minh Các Tiểu Hành Tinh Tự Do, một thế hệ lãnh đạo mới đã xuất hiện: Thiên tài quân sự Reinhard von Lohengramm của phe Đế Quốc, và nhà sử học của phe Liên Minh, Yang Wen-li.
Phi hành gia đầu tiên trong lịch sử loài người là một cô gái ma cà rồng. Sau khi Chiến tranh thế giới thứ hai kết thúc, các siêu cường phân chia thế giới, Cộng hòa Liên bang Zirnitra ở phía Đông và Vương quốc Anh Arnack ở phía Tây, đã chuyển tham vọng lãnh thổ sang không gian. Cả hai quốc gia đã và đang cạnh tranh gay gắt để phát triển.
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ
Câu chuyện của light novel tập trung vào phi đội số 666 vào năm 1983, 18 năm trước các sự kiện trong series light novel Muv-Luv Alternative: Total Eclipse. Cả hai đều là phần phụ truyện của visual novel Muv-Luv Alternative do hãng Age phát hành vào năm 2006.