Câu chuyện kể về hai cô gái Escha và Chron, hai người có tính cách tương phản giống như mặt trời và mặt trăng. Hai cô gái đến từ Terminal, một thế giới hậu khải huyền trong tương lai trống rỗng và đơn sắc. Hai cô gái băng qua thế giới và đến ngày nay, họ gọi là Transit
Một năm sau Đợt Nổi Loạn Đen (Black Rebellion), Zero, kẻ thù số một của Thánh Chế Britannia nay đã chìm vào quá khứ trong sự hả hê của Britannia cũng như sự tiếc nuối của người dân Nhật Bản. Trong R2, nội dung được mở rộng ra cả thế giới khi nói đến Liên Bang Trung Hoa và Liên Hiệp Châu Âu
Heron, một thường dân ở Hy Lạp cổ đại, khám phá ra di sản đích thực của mình với danh phận là con trai của Zeus cùng lẽ sống: cứu thế giới khỏi đội quân quỷ dữ.
Urashima, một hòn đảo cách xa đất liền. Những con người trên đảo có một cuộc sống rất vô tư. Nhưng năm năm trước, ba đại gia đình trên đảo đã phải chịu một loạt những bất hạnh ập đến. Người dân trên đảo cắt đứt liên lạc với đất liền và dân số dần suy giảm. Chìa khóa để cứu hòn đảo nằm trong ba cô gái thuộc về ba gia đình.
Ngày còn nhỏ, Daisuke Dojima đã từng bị bắt cóc, sau đó được một cô gái kì lạ giải cứu và nói những lời tiên tri ấy với cậu. Thế nhưng không ai tin lời cậu nói cả. Dù vậy cậu vẫn tin theo lời tiên tri ấy dù cho người khác có nói gì.