Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Tiếp tục season1. Tóm tắt ss1: Câu chuyện bắt đầu khi 30.000 game thủ Nhật Bản bị giam cầm trong game thực tại ảo mang tên là Elder Tale. Nơi từng là “Thế giới của kiếm và ma thuật” giờ đây đã trở thành thế giới thật. Nhân vật chính là Shiroe đang cố gắng sống sót trong thế giới này cùng với người bạn cũ Naotsugu và ninja Akatsuki. Ngoài ra Nyanta là một người chơi bí ẩn với ngoại hình của một con mèo.
Phim chỉ dành cho đối tượng trên 16 tuổi. Izumi Shinichi là một thiếu niên 17 tuổi, sống cùng bố mẹ tại một khu phố yên tĩnh ở Tokyo. Một đêm nọ, những sinh vật ngoài hành tinh, có hình thù giống loài sâu, với tên gọi Kiseijū ("Ký sinh vật") đổ bộ lên Trái Đất, chiếm lấy não và điều khiển chủ thể là con người bằng cách xâm nhập qua tai hoặc mũi. Một "Ký sinh vật" có ý định bò vào tai của Shinichi khi cậu ngủ nhưng thất bại vì cậu đang đeo tai nghe, vậy nên đã xâm nhập cơ thể cậu bằng cách chui
Akiyuki sống tại đảo Sentan(kết thúc) có được sự tự do và hòa bình dù trong chiến tranh của Chính phủ miền Bắc và Nam. Nhưng mọi thứ thay đổi khi Akiyuki đi xe buýt cùng một cô gái tóc trắng bí ẩn đã biến đổi cánh tay Akiyuki cùng với kí ức bị mất và trở thành Xamd.
Taking place mere months after the Saber Marionette J OVA series, this newest installment in the Saber Marionette line follows the continuing adventures of Otaru and his clan of selfless, obsessive marionette girls.