Vào ngày 1 tháng 5 năm 1945 tại Berlin, khi Hồng quân nâng lá cờ Xô viết trên Reichskanzlei, một nhóm các sĩ quan Đức Quốc xã tiến hành nghi thức. Đối với họ, việc giết mổ trong thành phố không chỉ là một nghi lễ hoàn hảo, một nhóm siêu nhân có thể sẽ mang lại sự hủy diệt của thế giới. Nhiều năm sau, không ai biết được nhóm sĩ quan này đã thành công hay liệu họ đã sống hay đã chết.
Nanoha, một cô bé lớp 3 nhận được sức mạnh phép thuật từ hành tinh khác. Cô bé cùng với bạn của mình là Yuuno đã lên đường đi tìm Jewel Seed, một cấm vật có sức mạnh to lớn . Trong cuộc hành trình, cô bé đã gặp Fate, con gái của một đại pháp sư trước kia. Fate cũng đang giúp mẹ mình đi tìm Jewel Seed nhưng với một mưu đồ xấu.
Câu chuyện trong phim xoay quanh cô thiếu nữ Akko Kagari và những người bạn ở Học viện Ma pháp Luna Nova, qua đó khám phá một thế giới phù thủy đầy màu sắc và độc đáo
Arata, một cậu bé vốn đã mất niềm tin vào người khác bị lạc vào một thế giới kì lạ và bị ghép vào tội ám sát công chúa. Cậu bất ngờ dùng được Hayagami - một loại vũ khí của thần, từ đó cậu bắt đầu một cuộc chiến chống lại 12 Shinsho để phục thù cho công chúa và cứu thế giới khỏi loạn lạc.
Tại thị trấn Goldcrown, ở một nơi chắc là giáp với miền Đông nước Pháp, miền Tây nước Đức, có một chú vịt con nhờ một phép màu mà trở thành một nàng công chúa. Nàng công chúa đang trong hành trình đi kiếm những mảnh trái tim thất lạc cho hoàng tử... Liệu cuối cùng nàng vịt con sẽ có kết thúc có hậu? Nhận được tình yêu của vị hoàng tử đó không?