Câu chuyện diễn ra trong thành phố Lisvalletta có hai mặt trời, khi nhìn sơ qua thì bạn sẽ thấy đó chính là một thế giới yên bình nhưng bên dưới lớp yên bình giả lập đó chính là một thế giới ngầm đầy rẫy tội phạm và ma túy bất hợp pháp.
Ê ku, muốn có em gái không. Học sinh năm nhất, Toujo Basara bất ngờ bị ông bố sắp tái hôn hỏi. Rồi ổng mất dạng sau khi mang về cho Basara 2 em Imouto, một BB, một loli.
Bối cảnh phim là một phiên bản khác của thành phố Tokyo, nơi bị tàn phá bởi một cuộc tấn công gây chấn động của bọn khủng bố. Đầu mối duy nhất về danh tính của bọn thủ phạm chính là một video lạ được tải lên mạng. Không chỉ phải đau đầu vì đầu mối này, cảnh sát cũng đang bất lực trong việc ngăn chặn chứng Paranoia (chứng hoang tưởng) đang lan rộng xuyên khắp Nhật Bản.
Sau 3 tháng kể từ khi Yokohama rơi vào tình trạng hỗn loạn, quán cà phê cũng đã trở lại bình thường. Nice thì bị Art bắn, và nhóm 2 người do Hajime và Murasaki lập nên, lại tiếp tục công việc trinh thám.
Sau khi lấy được 7 viên đá truyền thuyết, Chaos Emerald , Sonic và bạn bè mình tiếp tục chiến đấu chống lại tiến sỉ xấu xa Eggman. Khoảng khắc Sonic đột nhập vào sào huyệt của Eggman, thì 7 viên đá truyền thuyết đã được thu thập và tạo ra sức mạnh tống Sonic và những người khắc vượt thời gian đến thế giới loài người.