Hành tinh Endless Illusion huyền bí nằm đâu đó trong vũ trụ, là thiên đường cho bọn cướp, là địa ngục với những người tốt. Trên hành tinh đó, Van - người sở hữu một trong những Armor mạnh nhất - đang trên đường đi tìm kẻ thù của mình
500 năm trước, tại một vùng đất màu mỡ, lãnh chúa Karasumori đã mang trong mình một sức mạnh kỳ bí mà chính ông cũng không hề biết được, chính nguồn sức mạnh đó đã muốn hút những con yêu quái đến, làm cuộc sống của người dân trong thành không khi nào được yên ổn. Họ đã mời một vị pháp sư đến để diệt trừ, pháp sư Hazama Tokimori sư tổ hệ phái Hazama. Lượng yêu quái đến càng nhiều thì chính ông cũng không thể ngăn chặn lại,rồi ông lâm bệnh nặng. Và một ngày tất cả người dân trong thành đều mất
câu chuyện diễn ra trên một hòn đảo, nơi một “Hệ thống Fractale” đang bắt đầu sụp đổ. Một ngày nọ, Clain tìm thấy một cô gái bị thương gọi là Phryne dưới một vách đá. Cô biến mất để lại một mặt dây chuyền. Clain đặt ra cho một cuộc hành trình với những cô gái có hình avatar Nessa để tìm Phryne và phát hiện ra bí mật của hệ thống Fractale.
Vào cuối thế kỷ 19, Allen Walker chính thức gia nhập tổ chức Exorcist và bắt đầu đi tiêu diệt các sinh vật được gọi là Akuma; vũ khí cơ khí do Thiên niên kỷ Earl với những linh hồn đau khổ của người chết. Allen có một con mắt bị nguyền rủa và vũ khí chống Akuma, mang sức mạnh của "Innocence", một món quà dành cho anh là một tông đồ của Chúa.
Ngôi làng của Shu bị tấn công bởi những tên địch, cậu ta và bạn mình, Jiro và Kluke quyết định bảo vệ quê nhà. Họ sớm gặp chiến binh Zola và nhận được năng lượng của Shadow, khả năng biến những bóng của họ thành những quái vật siêu phàm. Shu nhận được quái vật có sức mạnh ghê gớm nhất, Blue Dragon, và họ cùng nhau chiến đấu chống lại kẻ thù.