30 năm trước, một hiện tượng kỳ lạ được gọi là spacequake (tạm dịch là không chấn) đã tàn phá trung tâm của đại lục Á-Âu, đe dọa mạng sống của ít nhất 150 triệu người.
Vào giữa thế kỉ 21, động đất và ảnh hưởng của sự nóng lên toàn cầu đã phá hủy Nhật Bản. Đất nước này đã trở thành một khu rừng lớn nhất thế giới để hấp thụ CO2 do thứ thuế carbon cản trở sự phục hồi của nó. Một số người sống cuộc sống sung túc trong dự án thành phố Atlas, trong khi số còn lại ở bên ngoài với nền kinh tế lạc hậu. Trước sự bất công xã hội càng lúc gay gắt, Kuniko phải dẫn dắt người dân của cô ấy đến Atlas. Thế nhưng ẩn bên trong miền đất hứa Atlas này là gì.
Mở đầu với cơn ác mộng và sự cắn dứt của Shinku về những gì xảy ra trong trận đấu với Suigintou ở session 01. Tiếp đến là sự xuất hiện của những búp bê còn vắng mặt ở session trước khiến nhiều người phải ra đi và Alice Game giờ mới thực sự bắt đầu.
Kojirou Shindou, một nhân viên ngoại vụ, tình cờ có mặt tại Sân Bay Haneda để chuẩn bị chuyến công tác. Giữa máy bay đang trên đường băng, bỗng chốc một khối kiến trúc đồ sộ xuất hiện từ hư không. Chiếc máy bay mang theo Shindou cùng 251 hành khách lạc vào bên trong khối kiến trúc đó. Tại đây Shindou gặp được một chàng trai trẻ, Yaha-kui zaShunina, và câu truyện bắt đầu.
Đã nhiều năm trôi qua kể từ khi loài người bị đẩy đến bờ vực tuyệt chủng bởi sự xuất hiện đột ngột của các dạng sống chưa từng được biết đến, Gadoll. Những người còn sống hiện đang ở bên trong một pháo đài di động cao 3000m, Deca-dence, được xây dựng để bảo vệ nhân loại khỏi Gadoll.