Jahy-sama, trợ lý của chúa quỷ, là người được toàn thể vương quốc loài quỷ khiếp sợ. Trong một trận giao tranh với nữ pháp sư để bảo vệ vương quốc đang bị tấn công, viên ngọc huyền bí của Jahy-sama đã vỡ, kéo theo sự biến mất của ma thuật và toàn bộ vương quốc
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.
Một trang web chỉ xuất hiện vào đúng 12h đêm. Khi bạn điền tên kẻ thù của mình vào trang web ấy, Enma Ai - Jigoku Shoujo (Thiếu nữ đến từ địa ngục) sẽ xuất hiện. Cô và những người trợ thủ của cô sẽ kéo kẻ thù của bạn xuống Địa Ngục. Nhưng đổi lại, nếu chọn trả thù bằng cách này, bạn cũng sẽ phải trả giá...
Maebara Keiichi chuyển đến sống tại làng Hinamizawa thanh tịnh và nhập học vào một ngôi trường tổng hợp tất cả các khối lớp. Cậu là thành viên nam của một clb toàn nữ. Tưởng chừng như đó là một cuộc sống học đường đầy niềm vui, Keiichi vô tình phát hiện ra một sự thật thần bí bị che đậy bởi bạn bè cậu và ngôi làng. Vụ giết người hàng loạt Hinamizawa.
Sáu năm sau khi các sự kiện của ChäoS;HEAd. sự kiện bất thường bắt đầu xảy ra ở quận Shibuya.